Ma è a questo punto che il corpo passa al contrattacco. Dapprima entrano in scena gli anticorpi, proteine gigantesche a forma di Y che, come una chiave in una serratura, si attaccano alle proteine dei batteri rendendoli impotenti nell'attacco e riconoscibili ad altri globuli bianchi, i macrofagi (quelli con quelle specie di tentacoli) che se li mangiano, o sarebbe meglio dire inglobano, distruggendoli definitivamente.
Se la difesa è efficace il nostro corpo, dopo un certo periodo con febbre e debilitazione, guarisce e si salva, se invece non riesce a contrastare l'invasore, a causa, ad esempio di una mancata produzione di anticorpi, soccombe, cioè muore.
È interessante notare che questo meccanismo viene messo in atto non solo nei confronti di elementi effettivamente estranei, quali virus e batteri, ma anche nei confronti di innocue cellule di altri organismi umani, quali i globuli rossi di un gruppo sanguigno con antigeni (i fattori A e B) diversi dai propri, che vengono quindi trattati dal sistema immunitario alla stregua di un pericoloso invasore. I globuli rossi estranei, in seguito alla risposta degli anticorpi, si attaccano uno all'altro formando un coagulo che rischia di bloccare la circolazione. Ecco perché una trasfusione di un gruppo sanguigno, che scatena la nostra reazione immunitaria può diventare mortale.