Poi pian pianino l'antico "gene maschile", quello che determinava lo sviluppo dell'animale in un maschio, incomincia a rimanere su uno dei due X e non si trasferisce più sull'altro durante il crossing over. Il crossing over o ricombinazione è quel processo che permette il passaggio di geni da un cromosoma all'altro omologo (quello uguale in lunghezza e tipo di geni contenuti). Avviene durante la meiosi (produzione dei gameti) e serve a mescolare i geni col passare delle generazioni. Mediante questo processo i geni che si trovano su un cromosoma e appartenevano quindi a uno dei due genitori, vanno a trovarsi un po' su uno e un po' sull'altro cromosoma di ogni coppia.
Ecco allora che inizia un processo nel quale i geni che servono al corpo maschile e non servono o magari sono dannosi per quello della femmina, lo raggiungono e rimangono in sua compagnia. Non tornano più sull'altro. Incomincia a nascere in questo modo il nostro protagonista: mister Y.
La sua impresa sembra però nascere sotto una cattiva stella. Col passare del tempo il cromosoma, che sta diventando sempre di più il tratto della mascolinità, perde gli altri geni, quelli che non determinano caratteri sessuali. Ai giorni nostri l'Y assomiglia davvero poco al suo omologo (l'X) che non riesce quasi a fare più il crossing over col suo compare: ben il 95% del cromosoma Y umano non può ricombinarsi con l'X. A furia di perdere DNA e quindi geni (oggi ne contiene all'incirca un centinaio) è grande appena un terzo del suo compagno. Il suo nome deriva appunto dal fatto che due dei sue bracci sono talmente corti da sembrare una corta appendice, assumendo così una forma da Y. Il suo destino sembra segnato, alcuni studiosi gli hanno persino pronosticato una completa scomparsa in futuro. Possibile che vada contro una lenta e inesorabile morte? Scompariranno con lui anche i maschi?
Alcuni studiosi hanno comparato il nostro Y con quello degli scimpanzee e hanno notato una cosa particolare. Lo scimpanzee è l'animale più simile all'uomo, le differenze nei rispettivi genomi sono appena del 2% ma se si esaminano gli Y allora le differenze salgono addirittura al 30%. Questa differenza, davvero notevole, lascia perplessi soprattutto se si pensa che il cromosoma Y è sempre stato considerato piuttosto "stagnante" dal punto di vista evolutivo. Essendo così isolato dall'X si è sempre limitato, come detto, a perdere pezzi e ci si sarebbe aspettati semmai una diminuzione della differenza tra uomo e scimpanzee. Nei sei o sette milioni di anni che ci separano dal nostro antenato comune, la differenziazione del DNA è avvenuta quindi ad un ritmo maggiore che nel resto del genoma. Questo cambiamento sarebbe avvenuto soprattutto nel cromosoma Y dello scimpanzee, nel quale si osserva un aumento della quantità di DNA.
L'ipotesi proposta per spiegare questo fatto prende spunto da un particolare comportamento degli scimpanzee. In questi animali non c'è grande competizione per la femmina in quanto le femmine si accoppiano con diversi maschi nel periodo di fertilità. Raggiunto il suo scopo immediato, come fa però il maschio a raggiungere il suo scopo evolutivo? come fa ad avere il figlio che porta avanti, nel futuro, i suoi geni? Sembra che per i nostri cugini la competizione avvenga dopo l'accoppiamento, all'interno dell'utero della femmina. La lotta per raggiungere l'uovo da fecondare inizia li, e la fanno gli spermatozoi. È chiaro che chi riesce a immettere più spermatozoi, e della miglior qualità, ha un vantaggio nella fecondazione. A questo scopo gli scimpanzee hanno i testicoli molto grossi, e proprio a questo servirebbe quella differenza del 30% di DNA di mister Y, il trasformista.